Musevi Lisesi, 1914-1915 eğitim yılında Midraşa Yavne adıyla Yemenici sokaktaki binasında, Bene Berit derneği, Jozef Niyego ve Dr. David Markus'un girişimleriyle kuruldu. İstanbul Yahudi toplumunun çocuklarına daha önceleri ilköğretim seviyesinde eğitim veren bir çok okul bulunmasına rağmen lise seviyesinde eğitim verecek veren bu okul bir ilkti. Ayrıca o zamana kadar kurulan Yahudi okulları hep dış yardımlarla kuruluyor ve ayakta duruyordu. Midraşa Yavne, Türk Yahudi toplumunun çabalarıyla kurulan ve sürdürülen ilk liseydi. Okulun kurulmasında büyük emeği geçen iki kişiden Jozef Niyego, Alliance okulu, Paris'teki Ecole Normale Israelite Orientale ve Montpellier'deki Agronomi Üniversitesi'nde eğitimini tamamladıktan sonra Filistine giderek Mikveh Israel'de önce direktör yardımcısı sonra da direktör olarak 18 yıl çalıştı. Filistin'deki ilk Yahudi Agronomist olarak tarımın gelişmesi, çiftliklerin kurulması ve işgücünün eğitilmesiyle ilgilendi. Bataklıkların kurutulması amacıyla Avustralya'dan ökaliptus ağaçlarının getirilmesini sağlayan da kendisidir. 1904'te geldiği İstanbul'da değişik görevler üstlendikten sonra 1914 yılında Midraşa Yavne'nin kurulmasını sağladı ve üç yıl müdürlüğünü üslendi. (1914-1917)

Kuruluşun ikinci büyük mimarı Dr. David Markus; eğitimci, filozof, psikolog ve din adamıydı. Novogrod'da dünyaya geldi, Yeşiva eğitimi alarak haham unvanı aldı; Boon Üniversitesinde psikoloji, pedagoji ve felsefe okudu. 1900 yılında Osmanlı Aşkenaz cemaatinin daveti üzerine İstanbul'a geldi ve Aşkenaz Musevilerinin dini lideri ve Goldschmidt Lisesinin müdürü olarak göreve başladı. Daha sonra birkaç okul daha kuran Markus, Bene Berit kuruluşunun ve Josef Niyego'nun da desteğiyle Midraşa Yavnenin kurulmasını sağladı ve hükümetten gerekli izinleri aldı. 1940 yılında emekli olana kadar da okulda çalıştı.

Musevi Lisesi kurulduğu dönemden sonra birkaç kez yer ve eğitim sistemi değiştirdi .Galata'da Yemenici sokaktan Hoca Ali sokağına, oradan Drogmanat sokağına ve nihayet Kumbaracı yokuşuna taşındı. 1940'ta ise önceleri Goldschmidt okulu olan Şişhane'de Mektep sokaktaki binasına geçti 1994-1995 yılında Bernar Nahum öncülüğünde bir grup hayır sever iş adamlarının bağışları ve çabaları ile Aşkenaz Cemaati tarafından tahsis edilen Ulus'taki bir arsada inşa edilen yeni binasında eğitimine başladı.(Bu geçiş süresinde Musevi 1. Karma Ana ve İlköğretim Okulu da taşınarak Ulus'taki binayı Musevi Lisesi ile ortak kullanarak öğretime devam etti.) Okulun adı önce Midraşa Yavne ya da Bene Berit Lisesi olarak bilinirken Beyoğlu Özel Musevi Lisesi adını aldı. 1994 te Ulus'taki binasına taşınınca adı Özel Musevi Lisesi, 1998 te ise Ulus Özel Musevi Lisesi olarak değişti.

Eğitim sistemi 1937 yılına kadar Galatasaray Lisesi'nin programlarıyla eşdeğer Fransızca müfredatı takip etti. Bu yıldan itibaren Türkçe eğitime geçildi 1962-63 yılında Fen ve Edebiyat bölümleri oluşturuldu. 1964-65 yılından itibaren ise yabancı dil olarak Fransızca'nın yanısıra İngilizce de öğretilmeye başlandı. 1992 yılında Hazırlık sınıfı açma ve 1994-95 yılında ise bazı dersleri yabancı dilde okutma onaylarını alarak Anadolu Lisesi statüsüne geçerek yabancı dilde (İngilizce) eğitim vermeye başladı. 1998 yılında çıkan ilköğretim kanununa göre gerekli değişiklikleri yaptı ve 2001-2002 yılında Lise Hazırlık sınıfını açarak yeni sisteme geçti.

Ulus Özel Musevi Lisesi'nin kurucusu Hahambaşılık, Ulus Özel Musevi 1. Karma Ana ve İlköğretim Okulu'nun kurucusu ise Neve Şalom Sinagogu Vakfıdır. Okullar Milli Eğitim Bakanlığı'na bağlı özel azınlık okulu statüsündedir. Ulus Özel Musevi Lisesi Vakfı, 150 kadar kurucu tarafından okullara maddi ve manevi destek sağlamak amacıyla 1994 te kurulmuştur